Архитектура программы «Навигатор-С» представляет систему клиент/сервер для локальной сети. Это позволяет использовать серверную программу для сбора данных о положении и состоянии мобильных и стационарных объектов и несколько программ-клиентов, работающих на других компьютерах по локальной сети или сети Интернет (под управлением Microsoft Windows 2003/ XP, Vista, 2008, Seven), с различными устройствами получения-передачи данных. Работа диспетчерской программы «Навигатор-С» не зависит от количества и типов каналов связи, так как взаимодействие связанных с нею программ осуществляется по стандартному сетевому протоколу в различных операционных системах.

Информация о мобильных и стационарных объектах (координаты, показания датчиков, сигналы тревоги, путевые и аппаратные события, текстовые сообщения) передаётся на диспетчерские центры «Навигатор-С», где сохраняется в базах данных для последующего анализа.

Для хранения данных используются промышленные СУБД: Interbase, MS SQL, ORACLE.

Данные, собираемые системой «Навигатор-С», можно использовать различным образом: отображать местоположение объектов на электронной карте, вести табличный учёт состояния объектов, подсчитывать статистику (пройденный путь, время стоянок и т.п.). При этом в локальной сети организации могут одновременно работать несколько различных программ просмотра и анализа данных.

Подсистемы анализа позволяют отображать местоположение транспортного средства на электронной карте, выдавать сигналы и справочную информацию диспетчеру в случае каких-либо происшествий, передавать текстовые сообщения и оказывать активное воздействие на объекты (блокировка дверей и двигателя). Использование различных вариантов визуализации этой информации позволяет строить различные, адаптированные к конкретным задачам, системы поддержки принятия решения диспетчером.